3-way merge?

git

そういえば仕事で云々してるリポジトリで

  • develop な branch
  • master な branch

というナニを云々してるんですが、サーバとのやりとりもあったりなんかするので試験用、本番用の URL などというのがあったりします。要するに上記二つの branch には明らかな差分があるのですが、merge する時にはこの差分が完全にスルーされます。
何故だろう。。3-way merge なアルゴリズムによればスルーはあり得ないのですが。。